Na području današnje Hrvatske gradnja podmornica počela je prije osnivanja Fakulteta. Za bitan iskorak nakon drugog svjetskog rata zaslužni su naši profesori: Đuro Stipetić, Adam Armanda, Josip Šretner i Miroslav Mikuličić, koji su s novo školovanim inženjerima formirali kritičnu masa znanja i pogurali našu brodogradnju općenito, pa onda i podmorničarstvo. Fakultet je snažno promicao brodogradnju temeljenu na vlastitiom znanju i projektima u suradnji s kasnije osnovanim Brodarskim institutom i Brodoprojektom.

Pod rednim brojem 1, novoosnovane Kraljevske tehničke visoke škole u Zagrebu, 1919. godine bio je Stanko Šilović, student brodogradnje kasnije profesor našeg Fakulteta. Prof. Šilović je osnovao Brodarski institut, bio direktor brodogradilišta u Kraljevici i inženjer Jadranske Plovidbe (današnje Jadrolinije).

Što smo sve gradili? Gradili smo zapravo sve, od trgovačkih brodova pa do bojnih brodova i podmornica. Zanimljivo je da smo bili među prve četiri države na svijetu koje su počele graditi podmornice, tada kao dio Austro-Ugarske. Gradili smo u Rijeci, Whitehead-Torpedo, Ganz Danubius na Brgudima te u Seearsenalu u Puli. Jedan dio podmornica smo projektirali sami, a druge smo naručivali kao gotove projekte. Na prilazu ratnoj luci Lora, diskretno odložena na desnoj strani, podmornica Velebit nas nijemo podsjeća na našu podmorničarsku prošlost i tradiciju.

Istaknuti inženjeri koji su i sudjelovali u projektiranju i gradnji podmornica školovali su se na našem Fakultetu. Za razvoj su nazaslužniji: admiral Žarko Alujević-Feđa (dipl. 1952.), inicijator i voditelj projekta; dipl. inž. Branko Ryšlavy (dipl. 1952.), projektant podmornica; dr.sc. Dragan Štulhofer (dipl. 1955.), projektant konstrukcije podmornica. Za uspješnu proizvodnju podmornica zaslužan je dipl. ing. Jure Zaninović (dipl. 1954.), voditelj gradnje u Brodosplitu-Specijalni objekti. Pored izgrađenih podmornica u periodu od 1952. do 2010. je izrađeno u okviru diplomskih radova 27 projekata, te obranjene dvije disertacije s područja Teorije konstrukcije podmornica (Ivo Senjanović, 1970; Dragan Štulhofer, 1980). Podmornice su projektirane u Brodarskom institutu gdje su provedena modelska ispitivanja. Čvrstoća čvrstog trupa provjeravana je na ležaju pod visokim hidrauličkim tlakom. Stabilnost konstrukcije provjerena je potapanjem čvrstog trupa podmornice na dubinu od 240 m u akvatoriju otoka Mljeta pomoću dizalice „Veli Jože“. Taj eksperiment je po svojoj složenosti i riziku predstavljao veliki izazov.

Podmornice 811 Sutjeska i 812 Neretva prve su podmornice potpuno projektirane i sagrađene u vlastitim projektnim ustanovama i brodogradilištu. Gradnja je počela 1958. Prva podmornica, Sutjeska, isporučena je 1961. godine, a druga 1962. godine, u Uljaniku, Pula.

Tri nove podmornice: 821 Heroj, 822 Junak i 823 Uskok, izgrađene su 1968 do 1970.godine u BSO Split. Ove podmornice su bile po svojim značajkama jednake ili čak i bolje od sličnih u zapadnim zemljama. Jednostavno projektno rješenje, bez velikog broja tankova ronjenja, upravljanje podmornicom po smjeru i dubini s jednog upravljačkog mjesta, dok su u to vrijeme ostale podmornice imale dva upravljačka mjesta. Prve naše podmornice kod kojih je podvodna brzina bila veća od površinske, što je bio značajan tehničko-taktički iskorak.

1978. godine u Brodogradilištu specijalnih objekata (BSO), Split isporučena je podmornica 831 Sava, a dvije godine kasnije podmornica 832 Drava.

Pored napadnih podmornica u BSO Split od 1983. do 1988. godine građene su džepne podmornice: 911 Tisa, 912 Una, 913 Zeta, 914 Soča, 915 Kupa, i 916 Vardar.

Jedinu zatečenu i zadržanu džepnu diverzantsku podmornicu 914 SOČA koja je nakon preinake postala podmornica HRM, Velebit projektirao je admiral Davorin Kajić, a modernizirali i pregradili hrvatski inženjeri. Podmornica je produljena za 1,4 m, ugrađeni je diesel generator od 90 kW i ugrađen je novi sustav automatskog upravljanja podmornicom. Velebit je povučen iz službe 2006. godine.

U RH je projektirana i D220 Drakon, suvremena, relativno mala, napadna podmornica, ali jednakih ili vrlo sličnih sposobnosti kao veće podmornice.